Joachim Mrugowsky war ein deutscher Arzt und Mediziner, der während des Zweiten Weltkriegs an medizinischen Experimenten in Konzentrationslagern beteiligt war. Geboren wurde er am 9. April 1905 in Straßburg, Elsass-Lothringen (damals Deutsches Kaiserreich, heute Frankreich) und starb am 2. Juni 1948 in Landsberg am Lech, Bayern, Deutschland.
Hauptberuflich war Mrugowsky Pathologe und Bakteriologe. 1935 trat er der SS bei und wurde später zum Obersturmführer befördert. Ab 1943 war er als Arzt im KZ Auschwitz tätig, wo er Menschenversuche an Häftlingen durchführte. Unter anderem experimentierte er mit verschiedenen Giftgasen und testete deren Wirkung auf die Opfer.
Nach dem Krieg wurde Mrugowsky verhaftet und 1947 im sogenannten Ärzteprozess vor Gericht gestellt. Er wurde zum Tode verurteilt und 1948 durch den Strang hingerichtet.
Die Rolle von Joachim Mrugowsky bei den medizinischen Verbrechen im Zweiten Weltkrieg und seine Beteiligung an den Gräueltaten im KZ Auschwitz sind ein dunkles Kapitel in der Geschichte der Medizin und ein Beispiel für die Gräueltaten, die im Namen der nationalsozialistischen Ideologie begangen wurden.
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